编办的设置最早可追溯到新中国成立之初。从新中国成立初期到20世纪60年代，全国编制委员会、国务院编制工资委员会、国务院编制委员会的办事机构先后设在财政部、人事部和国务院人事局。1963年5月，国务院编制委员会改称国家编制委员会，下设若干处室，具体负责机构编制管理工作。1982年与有关部门合并组建劳动人事部，在其内部设立编制局，负责编制管理日常工作。1988年6月，国家机构编制委员会成立后，办公室设在人事部，日常工作由人事部中央机构编制司和地方机构编制司承担。

1991年，党中央、国务院决定设立中央编办，作为中央编委常设办事机构，负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作，既是党中央的机构，又是国务院的机构。之后，地方也相应设立了编办，有的还实行单设。在2009年地方政府机构改革中，各级编办体制进一步完善，除个别与有关部门合署办公的省级编办外，绝大部分实现了单独设置，列入党委机构序列，同时也作为政府工作机构。到2011年底，省、市、县各级编办基本实现单独设置。

2018年2月，为加强党对机构编制工作的集中统一领导，理顺机构编制管理和干部管理的体制机制，党的十九届三中全会通过的《深化党和国家机构改革方案》明确，调整中央编办的管理体制，中央编办作为中央编委的办事机构，列党中央办事机构序列，归口中央组织部管理。此次地方机构改革要求，各级编办作为编委的办事机构，列党委办事机构序列，归口本级党委组织部管理。