《条例》把党管机构编制的程序分成四个基本环节：即动议、论证、审议决定和组织实施。

“动议”是四个环节中的初始环节，指党委（党组）或者负责机构编制工作的部门，根据党中央要求和机构编制管理实际，按照机构编制管理权限，提出启动有关体制机制和机构编制调整意见的过程。

“论证”是做好机构编制工作承上启下的重要一环，其作用在于把好“政策关”，把党中央关于机构编制工作的决策部署和有关要求体现贯彻到改革调整的具体方案中，为审议决定和组织实施奠定坚实基础。

“审议决定”是机构编制决策的关键程序之一，在整个机构编制工作中起着决定性作用。本章围绕“由谁来审议决定”“怎么审议决定”，对审议决定机构编制事项的主体、程序、方式和要求等作出了明确规定。各地区各部门党委（党组）、编委审议决定机构编制事项时，应当按照机构编制管理权限，坚持民主集中、科学决策，严格执行机构编制工作的各项程序规定，坚持机构编制重大问题经集体讨论作出决定，坚持按照规定内容进行议题审议，不断提高机构编制决策水平。

决策的生命力在于执行。只有通过组织实施，才能真正使党关于机构编制的决策部署落到实处、取得实效。《条例》首先规定了党和国家机构改革、重大体制机制和职责调整实施工作的领导体制，其次明确了“三定”规定、请示报告、部门职责协调、编制统筹调配和动态调整等机构编制组织实施制度或机制，最后确定了机构编制在管理全流程中的基础性作用。